update copyrights

andrewprzh · andrewprzh · commit e1274923aeed · 2025-09-23T14:14:02.000+03:00
diff --git a/detect_barcodes.py b/detect_barcodes.py
@@ -1,7 +1,7 @@
 #!/usr/bin/env python3
 #
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2023 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2023-2025 University of Helsinki
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
diff --git a/make-targz.sh b/make-targz.sh
@@ -18,6 +18,7 @@ rm -f */*/*.pyc
 rm -f */*/*.pyo
 rm -rf */*/__pycache__/
 rm -rf ./tests/out*/
+rm -rf ./tests/curio/
 rm -rf ./tests/.config/
 
 cp -r ./src $TARGET_DIR/
diff --git a/misc/assess_assignment_quality.py b/misc/assess_assignment_quality.py
@@ -1,7 +1,7 @@
 #!/usr/bin/env python3
 #
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2020-2022 Saint Petersburg State University
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
diff --git a/misc/assess_quantification.py b/misc/assess_quantification.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
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diff --git a/misc/common.py b/misc/common.py
@@ -1,7 +1,7 @@
 #!/usr/bin/env python3
 #
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2020-2022 Saint Petersburg State University
 # # All Rights Reserved
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diff --git a/misc/copyrighter.py b/misc/copyrighter.py
@@ -1,9 +1,9 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 # ############################################################################
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+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2019-2022 Saint Petersburg State University
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # # All Rights Reserved
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diff --git a/misc/correction_only.py b/misc/correction_only.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 
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diff --git a/misc/denovo_analyse.py b/misc/denovo_analyse.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 #!/usr/bin/env python3
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2019-2022 Saint Petersburg State University
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
diff --git a/misc/denovo_model_stats.py b/misc/denovo_model_stats.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 #!/usr/bin/env python3
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-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2019-2022 Saint Petersburg State University
 # # All Rights Reserved
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diff --git a/misc/generate_cdna_templates.py b/misc/generate_cdna_templates.py
@@ -1,5 +1,5 @@
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-# Copyright (c) 2023 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2023-2025 University of Helsinki
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
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diff --git a/misc/generate_umi_list.py b/misc/generate_umi_list.py
@@ -1,3 +1,10 @@
+
+############################################################################
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
+# All Rights Reserved
+# See file LICENSE for details.
+############################################################################
+
 import random
 import numpy
 
diff --git a/misc/gtf_stats.py b/misc/gtf_stats.py
@@ -1,7 +1,7 @@
 #!/usr/bin/env python
 #
 # ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2019-2022 Saint Petersburg State University
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
diff --git a/misc/isoseq_quantification.py b/misc/isoseq_quantification.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 
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-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
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diff --git a/misc/nanosim_quantification.py b/misc/nanosim_quantification.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 
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-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
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diff --git a/misc/quantification_stats.py b/misc/quantification_stats.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 
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-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
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diff --git a/misc/quantify.py b/misc/quantify.py
@@ -1,3 +1,10 @@
+
+############################################################################
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
+# All Rights Reserved
+# See file LICENSE for details.
+############################################################################
+
 #!/usr/bin/env python3
 #
 # ############################################################################
diff --git a/misc/reduced_db_gffcompare.py b/misc/reduced_db_gffcompare.py
@@ -1,7 +1,7 @@
 #!/usr/bin/env python3
 #
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2020-2022 Saint Petersburg State University
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
diff --git a/misc/split_gffcompare.py b/misc/split_gffcompare.py
@@ -1,7 +1,7 @@
 #!/usr/bin/env python3
 #
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2020-2022 Saint Petersburg State University
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
diff --git a/misc/tpm_stats_precision.py b/misc/tpm_stats_precision.py
@@ -1,7 +1,7 @@
 #!/usr/bin/env python3
 #
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2020-2022 Saint Petersburg State University
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 # See file LICENSE for details.
diff --git a/misc/tpm_stats_recall.py b/misc/tpm_stats_recall.py
@@ -1,7 +1,7 @@
 #!/usr/bin/env python3
 #
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2020-2022 Saint Petersburg State University
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
diff --git a/splisoquant.py b/splisoquant.py
@@ -1,7 +1,7 @@
 #!/usr/bin/env python3
 #
 # ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2019-2022 Saint Petersburg State University
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
diff --git a/src/10x_profiles.py b/src/10x_profiles.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2020-2022 Saint Petersburg State University
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
diff --git a/src/__init__.py b/src/__init__.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
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diff --git a/src/alignment_info.py b/src/alignment_info.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2020-2022 Saint Petersburg State University
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 # See file LICENSE for details.
diff --git a/src/alignment_processor.py b/src/alignment_processor.py
@@ -1,5 +1,5 @@
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-# Copyright (c) 2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2024-2025 University of Helsinki
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diff --git a/src/assignment_io.py b/src/assignment_io.py
@@ -1,5 +1,5 @@
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 # Copyright (c) 2020-2022 Saint Petersburg State University
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 # See file LICENSE for details.
diff --git a/src/barcode_calling/__init__.py b/src/barcode_calling/__init__.py
@@ -0,0 +1,7 @@
+
+############################################################################
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
+# All Rights Reserved
+# See file LICENSE for details.
+############################################################################
+
diff --git a/src/barcode_calling/barcode_callers.py b/src/barcode_calling/barcode_callers.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ###########################################################################
-# Copyright (c) 2023 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2023-2025 University of Helsinki
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
diff --git a/src/barcode_calling/common.py b/src/barcode_calling/common.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2023 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2023-2025 University of Helsinki
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 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
diff --git a/src/barcode_calling/filter_reads_by_dublicate_umis.py b/src/barcode_calling/filter_reads_by_dublicate_umis.py
@@ -1,7 +1,7 @@
 #!/usr/bin/env python3
 #
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2023 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2023-2025 University of Helsinki
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 # See file LICENSE for details.
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diff --git a/src/barcode_calling/kmer_indexer.py b/src/barcode_calling/kmer_indexer.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2023 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2023-2025 University of Helsinki
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
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diff --git a/src/barcode_calling/shared_mem_index.py b/src/barcode_calling/shared_mem_index.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2023 University of Helsinki
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diff --git a/src/barcode_calling/umi_filtering.py b/src/barcode_calling/umi_filtering.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2023 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2023-2025 University of Helsinki
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diff --git a/src/cage_finder.py b/src/cage_finder.py
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/common.py b/src/common.py
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/correction_stats.py b/src/correction_stats.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
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 # See file LICENSE for details.
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diff --git a/src/dataset_processor.py b/src/dataset_processor.py
@@ -1,5 +1,5 @@
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-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2019-2022 Saint Petersburg State University
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 # See file LICENSE for details.
diff --git a/src/exon_corrector.py b/src/exon_corrector.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2020-2022 Saint Petersburg State University
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diff --git a/src/file_utils.py b/src/file_utils.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
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 # See file LICENSE for details.
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diff --git a/src/gene_info.py b/src/gene_info.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2020-2022 Saint Petersburg State University
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 # See file LICENSE for details.
diff --git a/src/gene_model.py b/src/gene_model.py
@@ -1,3 +1,10 @@
+
+############################################################################
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
+# All Rights Reserved
+# See file LICENSE for details.
+############################################################################
+
 import json
 import os
 import pandas as pd
diff --git a/src/graph_based_model_construction.py b/src/graph_based_model_construction.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2020-2022 Saint Petersburg State University
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
diff --git a/src/gtf2db.py b/src/gtf2db.py
@@ -1,7 +1,7 @@
 #!/usr/bin/env python3
 #
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2019-2022 Saint Petersburg State University
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diff --git a/src/id_policy.py b/src/id_policy.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2024-2025 University of Helsinki
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 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
diff --git a/src/illumina_exon_corrector.py b/src/illumina_exon_corrector.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
diff --git a/src/input_data_storage.py b/src/input_data_storage.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2019-2022 Saint Petersburg State University
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
diff --git a/src/intron_graph.py b/src/intron_graph.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2021-2022 Saint Petersburg State University
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
diff --git a/src/isoform_assignment.py b/src/isoform_assignment.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2020-2022 Saint Petersburg State University
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 # See file LICENSE for details.
diff --git a/src/junction_comparator.py b/src/junction_comparator.py
@@ -1,5 +1,5 @@
 ############################################################################
-# Copyright (c) 2022-2024 University of Helsinki
+# Copyright (c) 2022-2025 University of Helsinki
 # Copyright (c) 2020-2022 Saint Petersburg State University
 # # All Rights Reserved
 # See file LICENSE for details.
diff --git a/src/long_read_assigner.py b/src/long_read_assigner.py
diff --git a/src/long_read_counter.py b/src/long_read_counter.py
diff --git a/src/long_read_profiles.py b/src/long_read_profiles.py
diff --git a/src/multimap_resolver.py b/src/multimap_resolver.py
diff --git a/src/plot_output.py b/src/plot_output.py
diff --git a/src/polya_finder.py b/src/polya_finder.py
diff --git a/src/polya_verification.py b/src/polya_verification.py
diff --git a/src/post_process.py b/src/post_process.py
diff --git a/src/process_dict.py b/src/process_dict.py
diff --git a/src/read_groups.py b/src/read_groups.py
diff --git a/src/read_mapper.py b/src/read_mapper.py
diff --git a/src/serialization.py b/src/serialization.py
diff --git a/src/short_reads.py b/src/short_reads.py
diff --git a/src/short_utils.py b/src/short_utils.py
diff --git a/src/stats.py b/src/stats.py
diff --git a/src/transcript_printer.py b/src/transcript_printer.py
diff --git a/src/umi_filter.py b/src/umi_filter.py

Original file line number	Diff line number	Diff line change
`@@ -1,7 +1,7 @@`
`1`	`1`	`#!/usr/bin/env python3`
`2`	`2`	`#`
`3`	`3`	`############################################################################`
`4`		`-# Copyright (c) 2023 University of Helsinki`
	`4`	`+# Copyright (c) 2023-2025 University of Helsinki`
`5`	`5`	`# # All Rights Reserved`
`6`	`6`	`# See file LICENSE for details.`
`7`	`7`	`############################################################################`